三條実萬(さねつむ)公をご祭神に、１８８５年１０月旧邸の地名にちなみ、現地に梨木神社として創祀、１９１５年の大正天皇即位式に当たって三條実美(さねとみ)公を第二座ご祭神として合祀にいたる。
父実萬(さねつむ)公は、菅原道真の生まれ変わりと崇められ、当時の人々からは今天神様と称され、明治維新の原動力となり、子の実美(さねとみ)公は父の遺志を継ぎ明治維新を達成した。実美(さねとみ)公は都が東京に移されるについて京都御所が廃止されようとしたとき、明治天皇に反対を進言し廃止案は中止となったばかりか反対に国家の大礼は京都で行うこととなり、大正・昭和天皇の即位は京都御所で行われた。その都度京都は発展し京都の恩人でもある。()

京都の三名水（醒ヶ井、県井、染井）のひとつである「染井の井戸」が神社の境内（手水舎）にある。境内は９世紀後半に栄えた藤原良房の娘明子（清和天皇の母染殿皇后）の里御所の趾で、この良房の屋敷を染殿と称し、宮中御用の染所として染井の水が用いられたといわれ、京都主要産業の一つである染色業にゆかりのあるものである。()

２０１５年、一の鳥居と二の鳥居の間にマンションが完成した。
ここから６０年間の地代で、神社の維持管理が行われる。
上の写真はその前の２０１０年当時の姿。()