幕末維新に殉じた志士と大東亜戦争にいたる京都府出身の英霊７３，０１１柱を奉祀する。幕末、各藩が此処に、それぞれの殉難者を祀ったのが始まりで、１８６８年（明治元年）５月に太政官布告をもって日本初の官祭招魂社となった。１８７７年（明治１０年）には皇室より巨費が下賜され神域が整備され、さらに１９２９年（昭和４年）６月には昭和天皇御即位大礼の建物が下賜され、１９３９年（昭和１４年）に護国神社と改称し、現在に至る。霊山神域内には坂本龍馬、中岡慎太郎、木戸孝允をはじめ蛤御門の変、天誅組の義挙等に加わった志士達の墓三百余があり、１３５６柱が合祀されており、明治維新を偲ぶ史跡である。

（左下）坂本龍馬と中岡慎太郎の銅像　坂本龍馬は勤皇・佐幕を繰り返した幕末時代に、「日本は一つにまとまなければならない。」という大きな視野から新しい時代を構想していた。１８６６年には薩長連合を成立させ、海援隊を組織し、世界情勢や貿易の必要性を唱えたが、同志中岡慎太郎とともに、１８６７年京都近江屋で暗殺された。二人の功績を称えて銅像が立っている。
最期の状況が神社駒札に記されている。『慶応３年（１８６７年）１１月１５日、午後６時頃中岡慎太郎が訪問。この２、３時間後、会談中の彼らは刺客の襲撃に遭い、坂本龍馬は額を横に斬られ、二の太刀は右の肩から左背骨にかけ、三の太刀で更に前額部を裂かれて悲痛なる一言を残して倒れた。盟友・中岡慎太郎も全身に刀傷を負い、二日後の１７日の夕方に息を引き取った。１８日、近江屋において葬儀が行われ、ここ霊山に埋葬された。』と。