御祭神は
一之宮：春日大神　主祭神　天児屋根命(あめのこやねのみこと)
二之宮：八幡大神　主祭神　誉田別命(ほんだわけのみこと)（１５代応神天皇）
三之宮：住吉大神　主祭神　中筒男命(なかつつのおのみこと)、表筒男命(うわつつのおのみこと)、底筒男命(そこつつのおのみこと)()

人王４３代元明天皇の勅願創建の社で、７１３年に国郡鎮護を祈るため、春日大神と住吉大神を中原（壇原）に勧請、鎮座したのが始まり。その後１０４８年、中関白藤原道隆が宇土鶴之城を築くときに八幡宮を合祀したので、三宮大明神と称するようになった。
１５８８年に宇土を治めた戦国武将小西行長が社殿を焼き討ち、そして１６０１年に加藤清正が現在の地に再興、さらに後の肥後熊本藩主・細川氏代々の保護を受け現在に至る。()

（左上）百官石　当社勧請の時まで神々の降臨を仰いでいた神石（磐座）。様々な景色を見てきたことから百官石と呼ばれる。
１５９９年の春、日比左近右衛門という鉄砲頭が庭石にしようと取って帰ったところ、夜々光り続けることから１６０１年の春に三宮社内に戻したとある。その後、神火の光りを放つ神石であると崇められてきたと記録に残っている。()

２０１６年（平成２８年）熊本地震による被害
（左上）本殿裏の石垣崩落
（右上）神輿庫の損壊　　　　２０１８年（平成３０年）撮影()

（左上）稚児宮　御祭神は少彦名神(すくなひこなのかみ)。家督の安泰を祈願するために細川藩によって勧請された。代々藩主を始め御家老・家中に至るまで深く崇敬してきた。子供に関する諸願成就の神として多くの人々に深く崇敬されている。()