御祭神は、一宮に應神天皇、向かって右の二宮に住吉大神、向かって左の三宮に神功皇后を祀る。()

９３５年、朱雀天皇の勅願により山城国（京都）石清水八幡宮の御分霊を国家鎮護の神として、茶臼山（今の藤崎台球場）に勧請したのが始まり。
鎮座の日、勅使が藤の鞭を地中に挿したところ、芽を吹き枝葉が栄えたので藤崎宮の名称が起こったと伝えられている。()

１８７７年、西南の役で壮大を極めた社殿はすべて焼失し、現在の井川淵町に移転、以来造営を重ね今日に至る。
例大祭は、昔から肥後国第一の祭礼と称され、熊本県最大の年中行事で、鎮座以来一千八十余年の歴史と伝統を誇る祭りである。()