曹洞宗。本尊は宝冠釈迦牟尼仏（毘盧遮那仏）。
草創は、北条氏の外護を受ける天台宗の寺院であったが、幾度かの盛衰を経て、１５５８年に曹洞宗に改宗したという。()

１５５８年、正眼寺より玄沢祖栄を創建開山として招請、天台宗を曹洞宗に改宗。その後、戦乱が続き、寺はしばらく衰微した。
そして１５８０年、竹鼻城に不破源六広綱が入城。城の改築と共に父・綱村（本覚寺殿大雲義沢大居士）のために、正眼寺より源経祖玄を招請し、本覚寺を竹鼻城主の菩提寺として復興した。
その後１５８４年、小牧長久手の戦いにおいて、広綱は織田方（織田信雄・徳川家康）に味方し竹鼻城に籠る。豊臣（羽柴）秀吉は長久手での敗退の後、織田方を小牧山城より引き寄せる為、竹鼻城を水攻めにし、城は落城。代わって岐阜城主織田秀信の家老杉浦五左衛門が竹鼻城の入城するも、竹鼻城主の菩提寺として本覚寺を残し堂宇の整備に尽力したのであった。()

しかし１６００年、関ヶ原の戦いにおいて杉浦氏は西軍に味方し竹鼻城は落城、本覚寺も焼失した。
その後１６９０年、正眼寺より乙先秀存を勧請開山とし本覚寺が復興される。
１８９１年（明治２４年）濃尾大震災により、建物は山門を除き倒壊したが、１９１５年（大正４年）に伽藍が完成し今日に至る。()

（左上）雲龍の絵天井　岐阜県重要文化財。本堂の天井絵。
幕末の勤王家で京都の大和絵師・宇喜多一�宸ﾌ筆による雲龍であるが、１８９１年（明治２４年）濃尾大震災で本堂が倒壊、１９１４年（大正３年）宇喜多一�宸ﾌ原画を、画系の後嗣・森村宜稲が修補した。()

（上下）ぼたんまつり
４月中旬から下旬に開催され、境内の２００株ほどの牡丹が花を咲かせる。()